[ 5141 ] ファイル管理、パスワードの移行不具合

ver 3.5.4から4.0.7へあげたところファイル管理機能が使えなくなりました。具体的には
ファイル管理のメインページにはアクセスできるが、キャビネットへのアクセス、キャビネットの
新規作成、詳細画面へのアクセスが不可。
管理者設定へはアクセスできるがそのページ内に貼られているリンクが全て無効で画面遷移しない。
個人設定は機能している。
上記のような不具合です。

また45人くらいのユーザーの中で従来のパスワードでGSにログインできない人が3人出ていますが
パスを再設定するとログインはできます。
再度データ以降を行えば正常に機能するようになるものでしょうか？

環境
・Version 4.0.7 (4.0.7)
・OS Linux i386 2.6.43.8-1.fc15.i686.PAE
・J2EEコンテナ Apache Tomcat/6.0.35
・Java 1.6.0_22 Sun Microsystems Inc.
・メモリ使用 677,433KB (66.8%)
・メモリ最大 1,013,632KB
・現在の空きディスク容量 39922MB

・コネクション使用状況 ACTIVE=0 IDLE=8