お世話になっています。早速3.2.1から3.5.0へのアップデートを行いました。ガイドでは、手動コンバートを行うとログファイルが生成されるとありますが、convert.batを実行してもログファイルが見当たらないのです。ディレクトリもWEB-INF/convert/logというのがあるとのことですが、当方の環境では「log4j」というディレクトリはありますが、「log」はありません。ログファイルがないので少々不安でしたが、そのままtomcatを起動したところ、無事にアップデートされておりました。結果オーライではありますが、気になったので投稿させていただきました。ご指導、よろしくお願いします。
Ver.3.5.0 付属の convert.bat の内容を見る限り、コマンドプロンプトから WEB-INF/convert/bin のフォルダに移動してconvert.bat を実行したのであれば、WEB-INF/convert/log の存在をチェックして、無ければフォルダを作成してるように見受けられます。なので、WEB-INF/convert フォルダのアクセス権限で、フォルダの作成を許可していないとないですか？
その後コンバートはうまくいきましたか？自分も同じ状況になったので、解決方法記載しておきますね。Server：win 2003環境変数に JAVA_HOME を設定し忘れており同じ状況に陥りました。設定後、convert.batが動き logフォルダが作成されました。システムのプロパティ→詳細設定タブ→環境変数→システム環境変数→新規→変数名に JAVA_HOME → 変数値に JAVAインストールフォルダ（自分の場合 C:\Program Files\Java\jdk1.6.0_26）上記入力後再起動で、batファイルが動くようになりました。
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