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[ 6747 ] Webメールの文字化けについて

SquirrelMail（メールサーバー上のWebメール）から開くと文字化けしないメールが
GroupSession上のWebメールから受信すると文字化けあるいは件名すら空白のメールになってしまうのですが、文字コードの変換を正しくするためには、どの部分を修正すればよろしいのでしょうか。

GroupSessionの設定上にあるISO-2022-JPとUTF-8のどちらを選んでも変わりないので
おそらくBase64か何かで誤判定していると思うのですが。

サーバ情報
・Version 4.6.0 (4.6.0)
・OS Windows 8 32bit 6.2
・CPUのコア数 2Core
・JVMビットモード x86
・J2EEコンテナ Apache Tomcat/7.0.55
・Java 1.8.0_40 Oracle Corporation (Java HotSpot(TM) Client VM)
・メモリ使用 551MB (55.7%)
・メモリ最大 989MB
・現在の空きディスク容量 268GB (275449MB)

ディレクトリ情報
・GSDATA_DIR C:/Program Files (x86)/Apache Software Foundation/Tomcat 7.0/webapps/gsession/WEB-INF/file/　(デフォルト)
・BACKUP_DIR C:/Program Files (x86)/Apache Software Foundation/Tomcat 7.0/webapps/gsession/WEB-INF/backup/　(デフォルト)
・FILEKANRI_DIR C:/Program Files (x86)/Apache Software Foundation/Tomcat 7.0/webapps/gsession/WEB-INF/filekanri/　(デフォルト)
・WEBMAIL_DIR C:/Program Files (x86)/Apache Software Foundation/Tomcat 7.0/webapps/gsession/WEB-INF/webmail/　(デフォルト)

webmail.conf
・MAILRECEIVE_THREAD_MAXCOUNT 5
・MAILRECEIVE_MAXCOUNT 100
・MAILRECEIVE_CONNECTTIMEOUT 30
・MAILRECEIVE_TIMEOUT 60
・MAILRECEIVE_RCVSVR_CHECKTIME 0
・MAILBODY_LIMIT 30000